지방세 관련 몇 가지 실무적 쟁점 - 서울지방변호사회 회보

지방세 관련 몇 가지 실무적 쟁점

오광석
승인 2020.03.02 14:44
호수 588
댓글 0

지방재정 확충을 통한 자치행정 강화라는 취지에 따라 2014년부터 지방세는 법인세와 같은 국세의 부가세(surtax)에서 벗어나 독립세의 형태를 갖추었습니다. 그에 따라 각 지방자치단체들은 각자 독립된 조사권도 보유하면서 실제로 현실에서 적극적으로 조사에 나서는 추세입니다. 이러한 조사는 국세청이 진행하는 통상의 세무조사와는 별개라는 점에 유의가 필요하며, 다만 국세청이 진행하는 세무조사와 지방자치단체가 진행하는 세무조사 사이의 관계, 우열 등에 대해 아직도 풀 숙제들이 많이 남아 있습니다. 이에 지방세 조사를 대응하는 경우 여러 쟁점에 대해 충분히 고민하면서 접근하는 것이 필요합니다.

한편 지방세가 독립세가 되면서, 가장 논란이 된 이슈 중 하나가 지방소득세에 대해서 국세와 별도로 불복을 해야 하는지 여부였습니다. 한때 지방세가 독립세 이므로 세무서에서 국세(법인세, 소득세)를 환급한다고해서 지방자치단체가 지방소득세를 반드시 환급해 줄 의무를 부담하는 것이 아니므로 지방소득세에 대해서도 언제나 별도의 불복이 필요하다는 논의가 있어서, 실무적으로 혼선이 있었던 적이 있었습니다. 관련하여 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것) 제103조의59조1) 에서는 소득세와 법인세를 환급하는 세무서장 또는 지방국세청장이 관할 지방자치단체의 장에게 이를 통보하도록 하고 있고, 그 통보를 받은 지방자치단체의 장은 소득세와 법인세와 관련된 지방소득세를 다시 계산하여 반드시 환급하도록 규정되어 있습니다. 그러던 것이 2017. 12. 26. 법률 제15292호로의 개정을 통해, 소득세와 법인세를 환급하는 경우 세무서장이나 지방국세청장이 지방자치단체의 장에게 통지하는 것은 동일하지만, 지방자치단체의장은 소득세는 반드시 환급해야 하되, 법인세를 반드시 환급해야 한다는 부분이 삭제되었습니다.2) 이러한 개정사항은 부칙 제1조에 따라 2018. 1. 1. 부터 시행되었습니다. 정리하면, 2017년도 분까지는 국세인 법인세, 소득세에 대해 불복하여 승소하면 관련 지방소득세는 직권으로 환급됩니다. 하지만 2018년도 분부터는 법인세 불복에서 승소하더라도 그에 대한 지방소득세는 직권으로 환급되지 않을 수 있으므로, 별도의 불복을 하는 편이 바람직합니다. 열심히 노력해서 법인세 승소 판결을 받았는데, 적지 않은 금액의 지방소득세는 그 사이 제소기간을 도과하여 환급받을 수 없다면 매우 억울한 일일 것입니다. 물론 2017년 이전 분에 지방소득세에 대해서도 별도로 불복을 하는 편이 환급가산금 계산 측면에서는 유리하므로, 금액효과가 크다면 이부분도 고려하는 편이 좋겠습니다.

한편 2019. 12. 31. 개정으로 지방세에 대해서도 2021. 1. 1. 이후 행정소송을 제기하기 위해서는 반드시 행정심판을 거쳐야 한다는 점, 즉 행정심판 전치주의가 도입되었다는 점에도 주의를 기울일 필요가 있습니다. 관련하여 조세심판원은 지방소득세 심판청구를 하는 경우 그에 대응하는 법인세 또는 소득세가 취소되기 전까지는 지방소득세 부과처분이 적법·유효하다는 일관된 입장을 보여 왔는데(조심2018지1174,2018.10.16. 등), 지방세 행정심판 전치주의가 도입된 이후에도 그러한 입장을 유지할지는 추이를 볼 필요가 있겠습니다.

------------------------------------------------------------------------------------------------------

1) 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정되기 전의 것) 제103조의59(지방소득세 관련 세액 등의 통보) ③ 지방자치단체의장은 제1항제5호 및 제2항제5호에 따른 통지를 받은 경우 해당 소득세 및 법인세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급 세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.
2) 구 지방세법(2017. 12. 26. 법률 제15292호로 개정된 것) 제103조의59(지방소득세 관련 세액 등의 통보) ③ 지방자치단체의 장은 제1항제5호에 따른 통지를 받은 경우 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다.