01 사안과 쟁점

이 사건은 원고가 2010. 2. 10. 약 25년 간 나대지 상태로 있던 토지 상에 주택 3채를 신축하고, 2015. 4. 15. 위 주택들을 양도가액 총합계 27억 원에 양도한 후 2016. 5. 2. ‘조세특례제한법 제98조의3(이하 “이 사건 특례 조항”)’에 따라 양도소득금액 전액이 감면대상이라는 이유로 원고가 신고 납부한 양도소득세를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고 세무서장이 이를 거부하는 처분을 한 사안으로서, 나대지에 주택을 신축하고 그로부터 5년 후에 주택을 양도한경우 양도소득세 감면대상 소득인 ‘해당 미분양주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 의미를 어떻게 해석해야 하는 것인지가 쟁점이다.

02 판결 요지

대법원은 “주택을 신축하기 위해서는 통상 토지의 취득이 선행되며, 그러한 경우 신축주택 취득 전부터 발생한 토지의 양도소득은 결국 신축주택이 양도되는 때에 비로소 발생하는 것인 점, 이 사건 특례 규정 제2항 단서 각호는 거주자가 나대지 상태로 토지를 보유하고 있다가 그 지상에 주택을 신축한 경우를 감면대상에서 제외하고 있지 않은 점, 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있는데 주택 취득 전 양도소득금액을 구분하기 위한 규정이 없는 점 등에 비추어 보면, 나대지에 주택을 신축하고 그로부터 5년 후에 주택을 양도한 경우 양도소득세 감면대상 소득에는 해당 미분양주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액 뿐만 아니라 해당 미분양주택 취득 전 나대지 상태에서 발생한 양도소득도 감면대상에 포함된다고 봄이 타당하다”고 판단한 원심을 그대로 확정하였다.

03 판례 평석

이 사건 특례 조항은 서울시 밖의 지역에 있는 일정 미분양주택을 2009. 2. 12. 부터 2010. 2. 11.까지 주택공급업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100%에 해당하는 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상 소득금액에서 뺀다고 규정하고 있으며, 이러한 감면대상 미분양주택에는 자기가 건설한 주택으로서 위 기간 동안 공사에 착공하고 사용승인 또는 사용검사를 받은 주택을 포함한다고 규정하고 있다. 또한, 5년간 발생한 양도소득금액 계산은 조세특례제한법 제40조 제1항의 산식을 준용하도록 규정하고 있다.

이 사건 특례 조항은 미분양주택을 취득하고 5년 이내에 양도하는 경우와 5년 이후에 양도하는 경우를 구분하여 양도소득세 감면에 대해 규정하고 있고, 5년 이내에 양도하는 경우에는 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세액의 100%를 감면한다고 규정하고 있을 뿐 언제부터 발생한 양도소득세액을 감면대상으로 한다는 것인지에 대하여는 규정하고 있지 않을 뿐만 아니라, 후단과 달리 감면되는 세액을 계산하는 산식을 별도로 마련하고 있지 않다. 또한 양도소득이라는 것은 부동산 등을 양도하는 시점에 발생하는 것이다. 그렇다면 ‘미분양주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’의 의미는 주택 취득 전에 발생한 양도소득금액을 포함하여 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득 전체를 의미하는 것으로 해석해야 할 것이다.

그런데 5년 이후 양도한 경우에도 주택 취득 전 발생한 양도소득금액을 감면대상에 포함시킬 수 있을것인가? 이 사건에서 과세관청은 “이 사건 특례 조항은 5년 이후 양도한 경우 미분양주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상에서 뺀다고 규정하고 있으므로 미분양주택 취득 이전에 발생한 양도소득금액을 감면대상에 포함시킨다면 이 사건 특례 조항의 문언에 정면으로 배치된다.”고 주장했다. 일견 타당해 보이는 주장이기는 하다. 그러나 일반 건물과 달리 주택은 원칙적으로 주택을 보유하는 전 기간을 통하여 주택과 그 부속토지를 일체로 보아 양도소득금액이 산정되며, 양도소득금액을 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있는데, 이 사건 특례 조항은 미분양주택 취득 이전에 발생한 토지 양도소득금액만을 안분하여 산정하는 방법에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않을 뿐만 아니라, 감면대상 양도소득금액 계산을 위해 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 산식을 준용하도록 규정하고 있을 뿐 미분양주택 취득 이전에 발생한 토지 양도소득금액을 제외한다고 규정하고 있지 않으므로 이러한 양도소득금액 역시 감면대상에 포함되는 것으로 해석함이 타당하며, 미분양 취득자가 그 주택을 취득일부터 5년 내에 양도하는 경우 주택 취득일 전까지 발생한 양도소득을 감면대상으로 함에도 불구하고, 5년 1일이 되는 날 양도한 경우에는 5년 후 양도했다는 이유만으로 감면대상에 해당하는 양도소득이 갑자기 과세소득으로 전환된다면 이는 조세 형평의 원칙에도 어긋나는 결과가 될 것이다. 따라서 주택 취득일로부터 5년이 지난 시점에 양도하는 경우에도 미분양주택 취득 전에 발생한 양도소득은 모두 감면대상이 된다고 본 대법원 판례의 입장이 타당하다고 본다.

이 사건 특례 조항 및 신축주택 취득 후 양도한 경우 양도소득세 감면에 관한 조세특례제한법 제99조, 제99조의3 규정은 2000년 전후 및 2010년 전후 건설경기를 부양하여 경제를 활성화시킬 목적으로 신설된 조문이다. 수많은 납세자들이 이 조항을 이용하여 주택 취득 전 발생한 양도소득금액을 감면받았다. 과세관청의 눈에는 이들이 곱게 보일 리 없겠지만 조세특례제한법의 입법 취지 및 과세행정에 대한 납세자의 신뢰 제고 등을 생각해 본다면, 얄밉게 보이는 납세자라고 할지라도 미리 정해진 세제 혜택은 부여하는 것이 바람직하다고 생각한다.

류성현 변호사 ●법무법인(유) 광장