01 사안과 쟁점

이 사건은, 2006년 및 2007년 각 사업연도 동안 조경공사 시공 및 설계업 등을 목적으로 설립된 국내 법인(원고)이 원고의 등기이사이자 55.33% 대주주였던 소외인에게 사면녹화용 식재(SS공법)(특허번호 생략)에 대한 권리승계에 따른 대가로 지급한 직무발명 보상금 1,727,000,000원과 그 외 알루미늄제 다목적 휀스(실용신안등록번호 생략) 및 법면보호네트 시공방법(특허번호 생략)에 대한 사실상 권리이전의 대가로 지급한 직무발명 보상금 총액 998,239,000원이 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’) 제10조 ‘연구 및 인력개발비’에 해당하여 이 중 50%에 대한 세액공제가 허용되는지 여부가 문제된 사건이다. 이 사건에서는 직무발명 보상금의 수령자인 원고 법인 특수관계인인 소외인이 발명진흥법상 직무발명의 주체인 ‘종업원, 법인의 임원’에 해당하는지 여부와 (만약 그렇다고 하더라도) 원고가 소외인에게 지급한 직무발명 보상금이 정당한 범위에 있는지 여부가 문제되었다.

02 판례 요지

대법원은 우선 직무발명의 주체에 임원이나 특수관계자는 제외되는지 여부에 관하여, 관련 법령1)의 입법 및 개정입법 취지에 비추어 볼 때 이 사건에서 문제된 구 조특법 시행령 제9조 제2항 [별표 6] 제1호 (라)목의 직무발명 보상금이란 구 특허법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호 등이 규정한 직무발명 보상금을 뜻하는 것으로 보아야 하고, 임원이나 특수관계자에게 지급하는 직무발명 보상금이라 하더라도 이를 세액공제 대상에서 제외할 것은 아니라고 판단하였다.

다음으로 정당한 직무발명 보상금의 범위와 관련하여, 구 특허법(2006. 3. 3. 법률 제7869호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항, 제40조 또는 발명진흥법 제2조 제2호, 제15조 등이 직무발명을 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ‘종업원 등’이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ‘사용자 등’이라 한다)의 업무범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명으로 규정하고, 그 보상액을 그 발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익의 액과 그 발명의 완성에 사용자 등 및 종업원 등이 공헌한 정도를 고려하여 산정하도록 규정하고 있으므로(더욱이 발명진흥법 제15조 제2항은 보상에 관하여 근무규정 등에서 정하는 경우에는 그에 따른 보상이 일정한 상황을 고려하여 합리적인 것으로 인정되면 정당한 보상으로 본다고 규정하고 있다), 그러한 요건을 갖춘 직무발명에 관하여 위와 같은 점을 감안하여 산정된 직무발명 보상금이라면, 구 조세특례제한법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 및 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항이 허용하는 한도 내의 금액은 특별한 사정이 없는 한 연구·인력개발비 세액공제 대상이 된다고 판시한 뒤, 이 사건에 대하여 이 사건 각 발명은 원고의 기술 연구개발 업무에 종사하여 온 소외인이 그 재직 중에 원고의 업무범위에 속하는 토목공사, 조경공사와 관련한 발명을 한 것이므로 구 특허법 또는 발명진흥법에 따른 직무발명에 해당한다고 볼 여지가 많고, 소외인이 직무발명 이후에 제3자에게 통상실시권을 설정하였다거나, 특허권의 일부를 양도하였다는 점만으로 그 발명이 직무발명에 해당하지 않는다고 볼 것은 아니고, 원고의 직무발명 규정은 일정한 기준에 따른 보상을 규정하고 있으므로 이에 근거하여 산정된 소외인에 대한 보상금의 액수가 구 특허법 또는 발명진흥법이 정당한 보상으로 규정하는 범위 내의 것인지를 살펴본 다음, 만약 그 범위를 넘어서는 것이라면 그 초과 금액만을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 부인할 것이지 정당한 보상의 범위 내에 있는 금액까지 모두 부인할 것이 아님에도 불구하고 원심이 이와 달리 판단하였다는 이유로 원심 판결을 파기하였다.

03 판례 평석

직무발명 보상금에 대하여 세액공제라는 세제혜택을 부여한 입법 취지는 조세지원을 통해 기업의 연구개발을 장려하고 촉진하고자 함에 있고, 이러한 연구개발의 장려 및 촉진을 위한 목적이라면 직무발명의 주체에서 반드시 임원이나 특수관계자를 제외하는 것이 반드시 그 목적 달성에 도움이 된다고 볼 수 없을 뿐 아니라, 경우에 따라서 직무발명 보상금을 통하여 임원이나 특수관계자가 단순한 종업원에 비하여 연구개발에 대한 유인이 더 크게 작용할 여지가 있는 점 등을 고려할 때 임원이나 특수관계자를 직무발명의 주체에서 제외할 합리적 이유는 없는 것으로 보인다. 위와 같은 견지에서 이 사건에 대한 적용법령인 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 1. 라. “당해 기업이 그 종업원에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액”은 현행 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 1. 다.에서 “당해 기업이 그 종업원 또는 그 종업원 외의 자에게 직무발명 보상금으로 지출한 금액”으로 개정됨에 따라 이 부분에서의 쟁점은 현재 입법적으로 해결된 상태이다.

다음으로 이 사건에서 정당한 직무발명 보상금의 산정을 위한 평가방법과 관련하여, 대법원은 원심법원과 달리 특별한 법률상의 실체적·절차적 규정의 위반이 없는 한 산정된 직무발명 보상금은 정당하게 산정된 것으로 보아야 한다는 큰 틀에서 직무발명 보상금에 대하여 적용되는 ‘실체적·절차적 법률 규정’이라는 형식적인 판단에 따라 직무발명 보상금이 정당하게 산정되었는지 여부를 판단한다.

그러나 이와 같은 대법원의 판결은 정당한 직무발명 보상금의 범위에 관하여 유관 법률에서 직무발명 보상금에 대한 절차적 규정 이외에 실체적인 산정기준을 마련하고 있지 않은 상황에서 절차적인 법률적 제한을 모두 충족하고 난 이후 정당한 직무발명 보상금을 어떻게 산정할 것인지에 관하여는 명확한 기준을 제시하고 있지 않고 있다는 점에서 아쉬움이 있다. 직무발명 보상금을 지급하는 회사 입장에서는 법인세 산정에서 손금처리할 수 있는 ‘정당한’ 직무발명 보상금의 범위도, 그 산정을 위한 기준도 알 수 없는 상황이고, 특수관계자에 대하여 직무발명 보상금이 지급된 경우 과세관청으로부터 이를 정당한 직무발명 보상금의 범위를 벗어났음을 이유로 부당행위계산 부인(국세기본법 제52조) 당하더라도 특정·명확한 기준에 따라 정당한 이의제기를 할 수 없는 상황이다. 이 사건을 포함하여 정당한 직무발명 보상금의 산정을 쟁점으로 하는 여러 사건들 역시 정당한 직무발명 보상금의 산정이 입법에 정하여진 바 없이(달리 대법원에서 제시한 산정기준 또한 존재하지 않는 상황에서) 개별·구체적인 사건마다 법원의 하급심2)에서의 판단에 따라 각기 다른 산정기준으로 산정되고 있다는 점과 법원이 나름의 하급심 경향에 따른 산정기준을 적용하는 경우에도 구체적인 적용 과정에서 개개의 사건마다 광범한 재량을 발휘할 수 있다는 점은 조세법률주의의 관점에서 적절하지 않다. 현재 과세관청은 직무발명 보상금이 법률상 제한을 지켜 지급되었는지 여부와 별개의 문제로 직무발명 보상금이 정당하게 산정되었는지를 검토하여 납세의무자 입장에서는 알 수 없는 나름의 산정기준
을 들어 부당행위계산 부인 등을 이유로 손금불산입처리를 하는바, 납세의무자가 이를 행정소송에서 다퉈야 하는 상황이 다수 발생하고 있다.

한편, 헌법은 “조세의 종목과 세율은 법률로 정한다.”라고 규정하고 있고(헌법 제59조), 대법원은 “조세법률주의 원칙은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로서 규정하여야 하고, 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 뜻한다. 그러므로 법률의 위임 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추·확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다(대법원 2017. 4. 20. 선고 2015두45700판결)”라고 조세법률주의의 뜻을 밝히고 있다. 그렇다고 한다면 납세의무자 입장에서 법률에 따라 정당한 직무발명 보상금의 범위가 어떠한지 그 기준조차 알 수 없다는 점, 과세관청의 자의적인 해석에 따라 손금불산입처리될 ‘부당한’ 직무발명 보상금의 범위가 확대될 수 있다는 점, 실제 정당한 직무발명 보상금의 범위에 관하여 분쟁이 발생하였을 때 국회 입법에 의하지 않고 법원의 하급심 판례의 경향에 따라 또, 그 개별·구체적인 사건에서 발휘될 수 있는 재판부의 재량에 의하여 정당한 직무발명 보상금의 범위가 축소되거나 확대될 수도 있다는 점은 조세법률주의의 관점에서 상당히 심각한 문제를 불러일으킨다.

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1)  구 조특법 시행령(2008. 10. 7. 대통령령 제21064호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항 [별표 6] 제1호 (라)목과 구 조특법(2006. 12. 30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것 및 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 등

2)  직무발명 보상금의 산정방법이 문제되는 법원의 실무례는 최근 축적된 직무발명 보상금 판결 사례를 살펴보면 대략적으로 “사용자 이익액 × 발명자 공헌도[× 발명자 기여율(공동발명자인 경우)]”의 큰 틀의 공식을 적용하되 구체적인 사정에 따라 산정공식을 달리하거나, 위 공식상 각 인자를 달리 구성하는 경향이다. 구체적으로 사용자 이익액은 해당 특허 등의 권리를 통하여 사용자가 수익한 이득액을 말하는 것으로 매출액 또는 실시료 수입 등을 기본자료로 하며, 그러한 직무발명과정에서의 발명자 공헌도를 곱하여 산출하고 만약 공동발명자인 경우에는 그 공동발명자 사이의 기여도를 곱하여 최종적으로 산정하는 방식이다(윤주탁, “직무발명 보상금 산정 실무 및 주요 사례 연구”, 『손해액 등 산정 체계화에 관한 공개세미나』, 2018, p.34~35 참조).

배효정 변호사