부가가치세 납세의무자인 사업자가 재화나 용역을 공급하는 경우에는 부가가치세를 거래징수하여야 한다(부가가치세법 제31조). 세법상 거래징수는 사업자로부터 징수하는 부가가치세 상당액을 공급받는 자에게 차례로 전가함으로써 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키겠다는 취지를 선언한 것에 불과한 것이어서 사업자가 위 규정을 근거로 공급을 받는 자로부터 부가가치세 상당액을 직접 징수할 사법상의 권리는 없고, 다만, 거래당사자 사이에 부가가치세를 부담하기로 하는 약정이 따로 있는 경우에는 사업자는 그 약정에 기하여 공급을 받는 자에게 부가가치세 상당액의 지급을 직접 청구할 수 있다.

 한편, 당사자 쌍방이 해당 거래가 부가가치세 과세대상임을 전제로 거래징수를 하였으나, 이후 부가가치세 면제대상임이 밝혀진 경우, 거래징수한 부가가치세를 반환하여야 하느냐는 과거부터 문제가 되어왔다. 대법원은 양 당사자 간의 합의의 내용, 정산의무가 발생하게 된 원인, 부가가치세 상당액의 경제적 효과가 실질적으로 귀속되는 자가 누구인지 등 여러 사정을 종합하여 이 문제를 판단하여 왔는데, 최근에도 이에 대한 참고할 만한 판결이 선고되었다. 

 대법원 2023. 8. 18. 선고 2019다200126 판결은, ‘지방자치단체인 원고가 피고들과 사이에 생활폐기물 위탁처리 용역계약을 체결하고, 그 용역계약에 따라 피고들에게 용역대금과 부가가치세를 지급하였는데, 이후 이 사건 용역이 부가가치세 면세대상으로 밝혀져 환급이 이루어진 경우’에 대해서, “계약당사자 쌍방이 계약의 전제나 기초가 되는 사항에 관하여 같은 내용으로 착오가 있고 이로 인하여 그에 관한 구체적 약정을 하지 아니하였다면, 당사자가 그러한 착오가 없을 때에 약정하였을 것으로 보이는 내용으로 당사자의 의사를 보충하여 계약을 해석할 수 있다. 여기서 보충되는 당사자의 의사는 당사자의 실제 의사 또는 주관적 의사가 아니라 계약의 목적, 거래관행, 적용법규, 신의칙 등에 비추어 객관적으로 추인되는 정당한 이익조정 의사를 말한다”고 전제한 후, “아래의 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고와 피고들이 이 사건 각 용역계약 체결 당시 이 사건 용역의 공급이 부가가치세 면세대상이라는 사정을 알았다면 원고가 피고들에게 부가가치세를 제외하고 기존 용역대금에 상당한 금액만을 지급하기로 약정하였을 것으로 보기 어렵다”고 판단하면서 원고가 지급한 부가가치세 전액 상당의 부당이득반환의무를 인정한 원심 판결을 파기하였다. 

 대법원의 주요 판단근거는 다음과 같다. 

- 일반적인 과세사업의 경우, 사업자는 용역을 공급받는 자로부터 매출에 관한 부가가치세를 수령한 다음 자신이 부담하였던 매입 세액을 공제한 차액만을 국가에 납부함으로써 실질적으로 매입세액을 부담하지 않으나, 면세사업의 경우, 부가가치세법 제39조 제1항 제7호가 면세사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다고 규정하고 있으므로, 사업자는 용역을 공급받는 자로부터 매출에 관한 부가가치세를 수령하지 못함에도 매입에 관한 부가가치세를 부담하게 되어 그만큼 원가가 증가하게 됨.

- 이 사건 각 용역계약은 지방자치단체가 당사자인 계약으로서, 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 구 지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률이 적용되는데, 해당 법령에 따르면 예정가격은 부가가치세법에 따른 부가가치세 등을 포함시켜야 하고, 원가계산에 의한 가격을 기준으로 예정가격을 결정하는 경우 해당 계약목적물의 공급가액에 부가가치세율을 곱하여 산출한 부가가치세를 가산하되, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 자와 계약을 체결할 때는 해당 계약대상자가 부담할 비목별 원재료의 부가가치세 매입세액 해당액을 예정가격에 합산한다고 규정함. 

- 원고는 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상임을 전제로 용역예정금액의 추정가격과 부가가치세를 별도로 명시하여 각 용역전자입찰공고를 하였으므로, 피고들은 이 사건 용역과 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다는 계산하에 각 입찰에 참가하였고 원고와 이 사건 각 용역계약을 체결한 것으로 보임.

 이 판결은 당사자 쌍방 공통의 착오로 부가가치세가 잘못 거래징수된 경우 이를 반환하여야 하는가 하는 문제에 대하여, 이를 기계적으로 접근하여 ‘거래징수하지 않아야 할 부가가치세를 거래징수하였다면 그 전액을 반환하여야 한다’는 단순한 결론을 내리지 아니하고, 당사자가 그러한 착오가 없을 때에 약정하였을 것으로 보이는 내용으로 당사자의 의사를 적극적으로 보충하여 계약을 해석하여야 함을 다시 한번 명확히 한 판례로서 의미가 있다.

김근재 변호사 ● 법무법인(유) 율촌